La chiesa fu voluta da don Luigi Guanella nel 1891 come centro spirituale della “Casa Divina Provvidenza”, da lui fondata nel 1886. Il vescovo, mons. Ferrari, lo convinse a realizzare una chiesa non solo per gli ospiti, ma aperta anche al pubblico, che diventasse un punto di riferimento per la città. Fu consacrata solennemente il 6 aprile 1893 e ampliata nel 1913-1915 con l’aggiunta della navata posteriore. Sul fondo del Santuario, durante l’ampliamento del 1913-1915, per espresso desiderio di don Guanella, fu realizzata la ricostruzione fedele del Santo Sepolcro, del Calvario e della Scala Santa, su progetto dell’architetto romano Aristide Leonori. Nella cappella a sinistra della navata posteriore riposano le spoglie di don Luigi Guanella, accanto a quelle di suor Chiara Bosatta.
